索南贡布尊者之后，由于前后藏发生冲突，前去萨迦沃热求学的路途遇阻，苯教亦趁机兴起，寺院一度受到很大影响，将近二十多年没有出现有影响的大德，寺院也仅由五名共选的僧人共管寺务，进入过渡时期。

　　一五二○年开始，寺中许多僧人开始依止宁玛派大德。明朝国师、著名圣者嘉杜西绕嘉措于当年在寺院中修建起嘉登莲师殿，并传授了宁玛派殊胜法要，由此，寺院又开启了萨迦和宁玛两种传承在本寺共同弘扬之时期。彼时至今，萨迦、宁玛两种传承，一直并存于寺院中。

　　此后寺院又历经嘉杜西绕嘉措上师、噶然喇嘛、木兰智美威萨活佛、涅吧——喇嘛彻来楞珠、伏藏大师财翁扎巴……巴登活佛仁波切、多呷堪布仁波切等诸多殊胜大德，弘法利生，直至现任方丈达娃俄热堪布仁波切。。